次世代メタルスラッグ開発中の研究所が何者かの襲撃を受け、メタルスラッグの機密を記したディスクが強奪された。

マルコとターマはディスクの奪還指令を受け、その行方を追った。
一方、遺跡盗掘を行う武装組織プトレマイック・アーミーを調査していたエリとフィオは、古代遺跡「火の回廊」まで追跡に成功。遺跡に突入して制圧を試みるが、原住民と巨大なメタルスラッグによって行く手を阻まれてしまった。
この事件により、メタルスラッグの機密を奪った敵はプトレマイック・アーミーと判明。

正規軍は、機密奪還と組織壊滅のため、PF隊とスパローズの少数精鋭による「炎の回廊」への再突入作戦を決行した！！