激動の2030年代。
世界は度重なるモーデンの軍事侵攻により混乱の時代を迎えていた。

世界征服を策謀する独裁者デビルリバース・モーデンは、
これまで幾度となく正規軍に対してクーデターを仕掛け、
ある時は正規軍の万能戦車メタルスラッグを強奪し、
またある時は未知の生命体と手を組んだり・・・と熾烈な戦いを繰り返してきた。
しかし、その度に正規軍が誇る４名の精鋭の活躍によって、
彼の野望はことごとく打ち砕かれてしまったのだ。

敗北を重ねて疲弊したモーデン軍の戦力は、
今や各地に散ったわずかな残存部隊と本部都市を残すのみ。
もはや、モーデンに再び戦う力はない。
正規軍の誰もがそう思い始めていた時、
情報部から潜伏中のモーデン軍発見の報告が飛び込んできた。
正規軍本部基地に程近い山村にモーデン軍の中規模部隊が潜んでいるという。
これに対し、信ぴょう性が高いと判断した司令部は、
特殊工作部隊ペルグリン・ファルコンズに再調査を命じた。

命令を受けたマルコとターマは、直ちに輸送ヘリに乗り込み現地へと向かう。
どうせ誤報だ、楽観視するターマ。
だが、マルコは再び動き始めたモーデンの存在を直感し、
胸騒ぎを覚えずにはいられなかった。